برنامج يضع خرائط جينوميات فاشيات الأمراض

ثمة تطبيق جديد للكمبيوتر يمكنه تصوّر البيانات الجينومية لمجموعة من العوامل الممرضة في الوقت الحقيقي. هذا البرنامج المعروف باسم SVAMP (تحليل ووضع خرائط وتحديد نَسَب تنوع التسلسل)، يمكنه وضع الخرائط مع مُستَفردات مرمّزة لونيّا على أساس بلد المنشأ ومخطط شجرة النَّسَب والتطور الخاصة بالطفيلي.

"يمكن استخدام هذا البرنامج لتحرّي الفاشيات طالما أمكن وضع تسلسل عيّنات منها، وطالما أصبحت البيانات الناتجة -بعد وضع خرائطها استنادا إلى الجينوم المرجعي- متاحة للبرنامج"، وفق قول أرنب باين، من جامعة الملك عبد الله للعلوم والتقنية، في السعودية، والمؤلف المشارك الرئيسي للدراسة التي نُشِرت في دورية Bioinformatics¹ a.

جرى اختبار البرنامج باستعمال مجموعتي بيانات سبق نشرها، وتختص بالعنقودية الذهبيّة المقاومة للمثيسيللين (MRSA) وطفيلي الملاريا المتصوّرة المنجليّة. احتوت بيانات العنقودية الذهبيّة المقاومة للمثيسيللين 63 مُستَفردة من 15 بلدا، في حين تألفت بيانات طفيلي الملاريا من 245 عيّنة من أفريقيا وجنوب شرق آسيا وبابوا غينيا الجديدة.

قول الباحثون إن استخدامه ممكن لدراسة الطفرات الجينية الطبيعية، والبنية السكانية والتنوعات الجغرافية للعوامل الممرضة في الأوساط البيئية. لقد تمكن البرنامج من وضع شجرة النسب لـ63 مُستَفْرَدة من العنقودية الذهبيّة المقاومة للمثيسيللين خلال 20 ثانية.